MISSION:01

In der nahen Zukunft befindet sich die Welt im Krieg: Die USR, eine geheimnisvolle Organisation unter der Führung von Admiral Red und seinem mächtigen U-Boot UX, will die Ausbeutung der Meere durch den Menschen stoppen und hat bereits zahlreiche Schiffe und Häfen torpediert. Die Seestreitkräfte der Welt schließen sich zusammen und bilden die Peace Keeping Navy (PKN), um die "Terroristen" zu bekämpfen. Jedes große UN-Mitglied hat ein U-Boot beigesteuert, auch wenn das japanische U-Boot, die 707, ein alter Schrotthaufen ist, der mit Verspätung zur Eröffnungssitzung erscheint. Als das Treffen endlich beginnt, kommen Admiral Red und die UX, um die Show mit einer Reihe von Torpedos zu stören. Captain Youhei Hayami kommt zu spät in die Schlacht und steuert die 707 in einen Torpedo, der auf den Superträger, das Flaggschiff der PKN, abgefeuert wird. Sein Schiff wird zerstört, aber das Flaggschiff überlebt. Sechs Monate später erhält Kapitän Hayami das Kommando über die geborgene und wiederaufgebaute 707 und sticht mit einer Mannschaft aus alten Kameraden und brandneuen Kadetten in See, um erneut gegen Admiral Red zu kämpfen.