Öffentliche Sicherheit Sektion 9, zum Zweiten Stand Alone Complex

Togusa bringt nach seiner Freilassung das offizielle Schicksal seiner Kollegen in Erfahrung: Sektion 9 wurde nach einem angeblichen Putschversuch aufgelöst und die überlebenden Mitglieder als Landesverräter inhaftiert. Drei Monate später hält der Premierminister sein Wort und macht die Verbrechen von Generalsekretär Yakushima publik. Togusa will Yakushima persönlich zur Rechenschaft ziehen und ihn vor der Parteizentrale erschießen, kann jedoch von Batou davon abgehalten werden. Er erfährt, dass Sektion 9 im Geheimen wieder aufgebaut wurde und alle Mitglieder, inklusive des Majors, wohlauf sind; bei dem Attentat wurde nur ein ferngesteuerter Cyborgkörper Kusanagis zerstört. Andernorts treffen Aramaki und der Major Aoi, den jungen Mann, der für die Entführung Seranos vor sechs Jahren verantwortlich ist. Aramaki bietet ihm an, für Sektion 9 zu arbeiten, was Aoi jedoch ablehnt.